在通过基础情况调研明确了工程的处理规模、处理程度、水质要求后，就可以根据拟建项目的技术途径、建设条件、资金来源、运行管理等方面的要求进行废水处理工艺方案的比较和选择。废水处理工艺方案的比较选择一般应遵循以下原则。
(1)合法性 遵守国家和地方有关法律、法规，符合环境保护相关政策、标准和规范。
(2)水质目标可达性 所选择的工艺方案实施后，应确保处理出水能够达到规定的排放。
(3) 科学性和合理性 寻求尽可能简洁、高效、经济、配置合理的技术途径来达到既定的处理目标，充分借鉴国内外同行业、同种类废水处理的相关工程经验。
(4) 针对性 充分考虑原水的水质水量特点、处理出水的水质要求，兼顾工程本身的所处的环境条件、经济条件、社会条件，因地制宜地选择处理工艺。
(5)可靠性 所采用的处理工艺应当成熟可靠，能满足长期稳定运行的需求，系统的风险小。故障率在可控范围内。
(6)先进性 在保证可靠性的前提下，应考虑采用新技术、新工艺、新设备来提高效率、降低消耗。
(7)适应性和灵活性 工艺和系统应具有较强的适应水质、水量和环境条件变化的能力，灵活性好，流程和参数有调整余地。
(8)发展性 应适当考虑人口、经济、产业的未来发展对处理设施的要求，必要时应预留扩充容量和接口，方便未来设施的并网运行。
(9)经济性 方案比选时应根据项目的资金条件，重点考虑节省投资和用地，减少能耗，降低运行费。对于改扩建废水处理工程，方案选择时应考虑对现有设施进行充分利用。 (10) 运行管理的方便性 系统和设备的操作运行、维护维修、日常管理应尽量简单方便，重视消防、安全、劳动保护。
(11) 设备 采用稳妥可靠、性价比好的设备。
(12) 自动控制 自动化方案设计时不仅要考虑方便管理、降低劳动强度、改善操作环境，也要在节能降耗、提高系统可靠性和稳定性方面发挥作用。
(13) 环境影响 工艺方案选择时，应根据工程的地理位置和周边环境，充分考虑降低气味、噪声的影响;应采取有效措施，妥善处理、处置废水处理过程中产生的栅渣、污泥等废弃物，避免二次污染。
在实际操作中，污水处理工艺方案的选择不可能满足上述所有要求，因此应根据项目的具体条件和要求，有选择性地突出强调某几个方面。