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在选择工艺方案之前必须根据水环境评价、水质规划等方面的材料，明确废水处理的水质目标或排放标准。以确定或确认废水处理厂的具体出水水质要求和排放方式、排放总量或出水浓度(日平均或月平均)，并找出所有能够满足排放要求的工艺方案，然后进行逐步筛选。
在工程方案选择过程中还需要考虑除磷工艺的各个方面，包括工艺性能、设备器材性能、单元构筑物、处理系统的运行操作和维护等。需要着重考虑的因素包括:所要求的除磷能力、相关水质指标间的兼容性、处理规模、污泥处理处置问题近期及远期排放要求、总体费用、对运行管理的影响等。另一方面，工程方案的选择要有一定的灵活性，除了仔细研究各种可能工艺的性能及其他相关资料外，可尽量考虑参观和访问相关废水处理厂、设备制造厂商和运行管理人员，这样做往往能获得更准确、更新的实用资料和经验，有助于准确决策。
生物除磷的优点
①生物除磷工艺的污泥量与常规生物处理的系统相近
②可以在现有推流式活性污泥法处理系统中直接实施，设备的增加和更改量很小
③如果污泥处理过程中磷不会溶解并返回处理厂的话，可以利用已有的污泥处理设备，进行处理工艺改造
④除了Phostrip （测流除磷工艺）工艺和出水精处理外,不需要药剂和投加设备，或需要量极小
⑤可以同时实现氨氮或总氮的去除，部分工艺甚至不增加运行费用
⑥对部分工艺,可以有效地控制丝状菌的生长
生物除磷的缺点
①除了 Phostrip（测流除磷工艺），其他工艺的除磷性能均受废水BOD/TP比值
②二沉池的性能良好才能获得出水 TP 1g/L的处理效果
③不大适合固定膜处理系统的改造
④在污泥处理过程中有可能出现磷的释放并返回到废水处理系统中，因此污泥处理回流液的含磷量必须加以控制
⑤可能需要设置备用加药系统,以防生物除磷系统发生故障或失效